La gastroenteritis eosinofílica debe considerarse en cualquier paciente que presente síntomas abdominales crónicos y eosinofilia periférica. Cabe señalar que la eosinofilia periférica puede estar ausente en la minoría de los casos. El diagnóstico se realiza mediante una biopsia de tejido gastrointestinal que demuestra un aumento de eosinófilos en ausencia de enfermedad parasitaria. Los síntomas dependen de la ubicación de la afectación eosinofílica. Cuando la enfermedad se limita a la mucosa del estómago, pueden predominar síntomas como náuseas, vómitos y dolor abdominal. Si se afecta la mucosa del intestino delgado, puede producirse un síndrome de malabsorción con anemia por deficiencia de hierro y enteropatía perdedora de proteínas. La enfermedad que afecta principalmente a la capa muscular puede causar síntomas de tipo obstructivo del tránsito gastrointestinal. La capa subserosal puede estar infiltrada con eosinófilos y provocar ascitis eosinofílica. Este es un diagnóstico difícil de realizar en ausencia de eosinofilia periférica.