La confirmaciòn requiere la realizaciòn de una endoscopia con biopsias de esòfago proximal y distal.
La infiltraciòn eosinofilica de mas de 15-20 por magnificacion de campo microscopico es necesario para el diagnòstico.En contraste con la enfermedad del reflujo,la esofagitis eosinofilica afecta la mucosa,submucosa y la muscularis.Multiples antigenos alimenticios pueden inducir la esofagitis eosinofilica como huevos,nueces,carne,trigo,pescado,conchas,maiz y sobre todo proteina de la leche el cual es el antigeno màs comun.