La disfagia a sólidos y líquidos al comienzo de la enfermedad debe hacer sospechar acalasia. Esto contrasta con el cáncer de esófago, en el que la dificultad para tragar sólidos precede clásicamente a la disfagia a líquidos. La acalasia puede ser (más común en los Estados Unidos) o secundaria a cáncer gástrico, invasor del esófago, linfoma o enfermedad de Chagas. La enfermedad por reflujo gastroesofágico es un argumento en contra de la acalasia. El diagnóstico generalmente se realiza con un estudio de deglución de bario, que muestra un estrechamiento en forma de pico del esófago terminal, el esfínter esofágico inferior no relajante. Mmamostrar la falla del afín esofágico inferior para relajarse en el reflujo gastroesofágico.

 La colitis colagenosa debe sospecharse en mujeres mayores que presentan características de diarrea secretora (diarrea que persiste con el ayuno), características del síndrome del intestino irritable (dolor abdominal crónico) y características de la enfermedad inflamatoria intestinal (pérdida de peso y presencia de leucocitos fecales). La colonoscopia muestra una mucosa colónica normal, pero las biopsias muestran una capa de colágeno subepitelial aumentado y un aumento de linfocitos en la lámina propia. Las biopsias de colon del lado derecho tienen un mayor rendimiento que las biopsias del lado izquierdo; sin embargo, las biopsias del lado izquierdo confirman el diagnóstico. Las heces hemo positivas hacen que la colitis colagenosa sea menos probable.

 La gastroenteritis eosinofílica debe considerarse en cualquier paciente que presente síntomas abdominales crónicos y eosinofilia periférica. Cabe señalar que la eosinofilia periférica puede estar ausente en la minoría de los casos. El diagnóstico se realiza mediante una biopsia de tejido gastrointestinal que demuestra un aumento de eosinófilos en ausencia de enfermedad parasitaria. Los síntomas dependen de la ubicación de la afectación eosinofílica. Cuando la enfermedad se limita a la mucosa del estómago, pueden predominar síntomas como náuseas, vómitos y dolor abdominal. Si se afecta la mucosa del intestino delgado, puede producirse un síndrome de malabsorción con anemia por deficiencia de hierro y enteropatía perdedora de proteínas. La enfermedad que afecta principalmente a la capa muscular puede causar síntomas de tipo obstructivo del tránsito gastrointestinal. La capa subserosal puede estar infiltrada con eosinófilos y provocar ascitis eosinofílica. Este es un diagnóstico difícil de realizar en ausencia de eosinofilia periférica.